Un concepto que produce particular polémica es la Autonomía del Pueblo Mapuche, generando voces discordes a favor y en contra.
Según Stavenhagen, las reivindicaciones de los Pueblos Indígenas apuntan a lo que se podría denominar autonomía interna, diferenciándolos así de la autonomía externa, propia de los movimientos separatistas. Se trata más bien de establecer un autogobierno dentro de una sociedad mas amplia[1].